Охорона здоров'я Купянщини бере свій початок з відкриття богадільні, яка почала свою роботу в середині XVIII століття. З кінця XVIII століття почала діяти лікарня на 10 ліжок. В ній працювали один лікар та один фельдшер. В 1876 році побудовано лікарню на 40 ліжок, яка мала один корпус та два флігеля. Вся медична допомога населенню Куп'янського повіту надавалася двома лікарями та одною бабкою повитухою. Медичні працівники обслуговували жителів 237 населених пунктів, в яких нараховувалося «64493 человека мужского населения».

В 1913 році В Купянському повіті нараховувалося 4 лікарні, 6 приймальных відділень, 15 фельдшерських пунктів, 10 дільниць. Загальна кількість ліжок складала 107 на 310.8 тис. жителів. Кількість населення на дільниці складала 29.9 тис. чоловік. Амбулаторне лікування проводилося безкоштовно з видачею медикаментів. Вартість стаціонарного лікування складала 25 коп на день.

Після Великої Жовтневої революції виникли всі умови для розвитку охорони здоров'я. З 1921 по 1925 роки в Куп’янську працювали поліклініка, два диспансера, дитяча консультація. Кількість ліжок в міській лікарні збільшилося до 80. При цукровому заводі в 1940 році відкрито відділення міської поліклініки. Кількість ліжок збільшили до 180. В лікувальних закладах працювали 41 лікар та 260 середніх медичних працівника. Подальший розвиток охорони здоров'я починається після Великої Вітчизняної Війни. В 1950 році в лікарні нараховувалося 220 ліжок, в лікарні працювало 56 лікарів та 188 середніх медпрацівників. В 1971 році відкрито медико-санітарну частину ливарного заводу. Охорона здоров'я складалася з центральної районної лікарні на 585 ліжок, медико-санітарної частини на 415 ліжок, трьох сільських дільничних лікарень на 100 ліжок, двох лікарських амбулаторій, 38 фельдшерських пунктів, відомчої залізничної лікарні на 210 ліжок, наркологічного та протитуберкульозного диспансерів. В лікувальних закладах працювало 327 лікарів та більше 1000 середніх медпрацівників. Медична допомога надавалася за 32 профілями.

На сьогодні структура медичної мережі складається з Куп'янської центральної міської лікарні на 270 ліжок, Куп'янської міської лікарні на 150 ліжок, відомчої залізничної лікарні, 18 сімейних амбулаторій, 19 фельдшерсько- акушерських пунктів та протитуберкульозного диспансеру.

В сучасній центральній міській лікарні надається стаціонарна допомога за 9 профілями, амбулаторна допомога за 27 спеціальностям. Загальна потужність амбулаторної служби 789 прийомів в зміну.

Протягом останніх років багато уваги приділялося проведенню ремонтів, комплектації лікарні медичних обладнанням. В результаті створено потужний медичний заклад, в якому створені належні умови перебування пацієнтів та комфортні умови праці медичних працівників. Лікарня має потужну діагностичну та лікувальну базу. Медична допомога надається не тільки жителям міста та району а й жителям сусідніх районів. Фактично лікарня виконує функції міжрайонного центру.