Город Купянск расположен у реки Купянка, откуда и происходит его название. Заселен первыми поселенцами в 1655 году, когда была основана слобода Купенка и относилась к Харьковскому полку.Слобода располагалась на правом берегу реки Оскол и по обе стороны речки Купенки. До 1685 года — Купянск был сотенный городом сначала Харьковского, после 1685 года — Изюмского слободских казачьих полков. Существует такая версия о происхождении названия города. Лексемы «купецкий», «купчинка» происходят от общеславянского существительного «купец». Эти предположения нельзя принять за окончательные выводы. Тем не менее, это очень интересная версия. «Известно, что все эти названия заимствованы с романо-германских языков (готский язык: Коироп — «торговать», древненемецкая: Kaufon и современная немец-кая Каufen, кауро — «собственник заезда»). Индоевро-пейские корни «kaup» и «коuр» в словах «купить», «купать» образовали глагольные формы, которые указывая на процесс действия, есть образцом грамматической омонимии (покупать — покупать что-то, покупать — купать кого-то).» Эта двусмысленность в давнем языке наталкивает на мнение, которое, кроме понятия, связанного с куплей — продажей, существует еще и понятие, связанное с обрядовой символикой, а именно с чрезвычайно древними языческими обрядами Купайли. Возможно, что и речка Купянка была причастна к этому языческому действу. В 1780 году город Купянск вошел в состав Воронежского наместничества, поэтому в верхней части герба Купянска изображен герб города Воронежа, как центрального наместнического города, а в нижний — герб уездного города. Основное поле купянского герба — золотое, которое в гербах России символизировало богатство, справедливость, великодушие. На золотом поле изображена фигурка сидящего байбака, символизирующая большое количество этих зверьков в окрестностях. Этот герб был утвержден указом Екатерины ІІ от 21 сентября 1781 года. Вариант второго герба русского периода В «Историко-статистическом описании Харьковской епархии за 1858 год» дается характеристика герба города Купянска. «Герб города — байбак в золотом поле — символ степняков. Жители Купянска имеют свои особенности, которые состоят в том, что значительная часть прихожан купянских храмов живут по хуторам, придерживаясь добродушия степных жителей.» Еще один документ — «Указ царей Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича» за 1683 год, в котором дается перечень городов и слобод по речке Оскол. Среди них указан: «Купецкий». Не утвержденный герб 1863 года Название «Купенка» — чисто географического происхождения, просуществовала до 1765 года, пока в документах «Изюмского слободского казачьего полка» появилось название «Купенск». Прошло почти 100 лет, на протяжении которых просуществовало название «Купенка», одно из первых названий города. В «Полном собрании законов Русской империи» Екатерины ІІ за 1781 год, когда утверждался герб города, наш город был названный «Купенском». И только, просуществовав как город Купенка 30 лет, с легкой руки Екатерины ІІ, в 1786 году город получил свое современное название — «Купянск». Герб советского периода 1970 года Это название красуется на «Плане города Купянска Харьковского наместничества», утвержденному Екатериной ІІ 20 апреля 1786 года. С 1797 года Купянск становится уездным городом Слободско-Украинской, а впоследствии — Харьковской губернии. Соответственно у города сменился и герб. В 1863 году Б. Кене разработал проект нового герба города Купянска: «В золотом щите черный сидящий сурок. В вольной части герб Харьковской губернии. Щит увенчан серебряной башенной короной о трёх зубцах и окружён золотыми колосьями, соединёнными Александровской лентой». Проект не утверждён официально. Герб Купянска 2000 года Герб советского периода был утвержден 22 мая 1970 года. В красном поле — лазоревый правый боковик. В боковике — колосья и крылатое колесо. В щите — сектор силиконовой втулки. 29 декабря 2000 года решением сессии городского совета Купянска утвержден новый герб города по проекту Ю. Пискарева: «Щит пересечен, в верхнем зеленом поле перекрещенные золотой рог изобилия с плодами и золотой жезл с серебряными крылышками, перевитый двумя серебряными змеями, в нижнем золотом поле сидящий сурок. Фактически, восстановлено использование элементов герба города конца XVІІІ в. В верхнем поле — харьковский знак (рог благосостояния и кадуцей), что указывает на административное подчинение Купянска. Сурок был характерным представителем местной фауны».
Слобода располагалась на правом берегу реки Оскол и по обе стороны речки Купенки. До 1685 года — Купянск был сотенный городом сначала Харьковского, после 1685 года — Изюмского слободских казачьих полков. 
В 1780 году город Купянск вошел в состав Воронежского наместничества, поэтому в верхней части герба Купянска изображен герб города Воронежа, как центрального наместнического города, а в нижний — герб уездного города. Основное поле купянского герба — золотое, которое в гербах России символизировало богатство, справедливость, великодушие. На золотом поле изображена фигурка сидящего байбака, символизирующая большое количество этих зверьков в окрестностях. Этот герб был утвержден указом Екатерины ІІ от 21 сентября 1781 года. Вариант второго герба русского периода
В «Историко-статистическом описании Харьковской епархии за 1858 год» дается характеристика герба города Купянска. «Герб города — байбак в золотом поле — символ степняков. Жители Купянска имеют свои особенности, которые состоят в том, что значительная часть прихожан купянских храмов живут по хуторам, придерживаясь добродушия степных жителей.» Еще один документ — «Указ царей Ивана Алексеевича и Петра Алексеевича» за 1683 год, в котором дается перечень городов и слобод по речке Оскол. Среди них указан: «Купецкий». Не утвержденный герб 1863 года
Название «Купенка» — чисто географического происхождения, просуществовала до 1765 года, пока в документах «Изюмского слободского казачьего полка» появилось название «Купенск». Прошло почти 100 лет, на протяжении которых просуществовало название «Купенка», одно из первых названий города. В «Полном собрании законов Русской империи» Екатерины ІІ за 1781 год, когда утверждался герб города, наш город был названный «Купенском». И только, просуществовав как город Купенка 30 лет, с легкой руки Екатерины ІІ, в 1786 году город получил свое современное название — «Купянск». Герб советского периода 1970 года
Это название красуется на «Плане города Купянска Харьковского наместничества», утвержденному Екатериной ІІ 20 апреля 1786 года. С 1797 года Купянск становится уездным городом Слободско-Украинской, а впоследствии — Харьковской губернии. Соответственно у города сменился и герб. В 1863 году Б. Кене разработал проект нового герба города Купянска: «В золотом щите черный сидящий сурок. В вольной части герб Харьковской губернии. Щит увенчан серебряной башенной короной о трёх зубцах и окружён золотыми колосьями, соединёнными Александровской лентой». Проект не утверждён официально. Герб Купянска 2000 года
Герб советского периода был утвержден 22 мая 1970 года. В красном поле — лазоревый правый боковик. В боковике — колосья и крылатое колесо. В щите — сектор силиконовой втулки. 29 декабря 2000 года решением сессии городского совета Купянска утвержден новый герб города по проекту Ю. Пискарева: «Щит пересечен, в верхнем зеленом поле перекрещенные золотой рог изобилия с плодами и золотой жезл с серебряными крылышками, перевитый двумя серебряными змеями, в нижнем золотом поле сидящий сурок. Фактически, восстановлено использование элементов герба города конца XVІІІ в. В верхнем поле — харьковский знак (рог благосостояния и кадуцей), что указывает на административное подчинение Купянска. Сурок был характерным представителем местной фауны».